Das College begann 1963 als Vision im Denken und Herzen von Jerald Johnson, der damals in Deutschland arbeitete, und von Bob Cerrato in Italien. Ihre Vision war es, auf dem europäischen Festland eine Schule zu gründen, die Menschen für den Dienst im Reich Gottes ausbildet. In einem kleinen von der Schweiz umgebenen deutschen Dorf namens Büsingen wurde ein passendes Gebäude gefunden. Das Mandat des Colleges bestand darin, international zu sein, es sollte Englisch als Unterrichtssprache haben und Männer und Frauen auf die Ordination und die Arbeit im Reich Gottes vorbereiten. Die Schule bekam den Namen European Nazarene Bible College (ENBC) und wurde 1965 mit John B. Nielson als erstem Rektor gegründet. Der Unterricht begann am 10. Januar 1966.

Seit seiner Gründung blieb das College darauf ausgerichtet, seinen ursprünglichen Auftrag zu erfüllen. 1977 verband sich die Schule mit der MidAmerica Nazarene University (MNU). Auf diese Weise war es ihr möglich, einen anerkannten akademischen Grad des Bachelor of Arts in Religion anzubieten. Als unmittelbare Folge des Zusammenbruchs des Kommunismus und der Öffnung des Eisernen Vorhangs begann die Schule in den frühen 1990er Jahren theologische Bildung in der Ausbildung vor Ort und erweiterte dadurch seinen Ausbildungsauftrag auf viele Studenten aus verschiedenen Ländern, die nicht in der Lage waren, auf dem Campus in Büsingen zu studieren oder ihr Studium in der englischen Sprache durchzuführen. Im Jahr 2001 wurde der Name in European Nazarene College umgeändert. Diese Veränderung war jahrelang vorbereitet worden in der Hoffnung, dass der neue Name das Ausbildungsprofil der Schule noch besser widerspiegelte.

Im Bewusstsein, dass das sich schnell verändernde europäische Umfeld eine drastische Veränderung erforderlich machte hinsichtlich der Art und Weise, wie EuNC die theologische Ausbildung für den Dienst im Reich Gottes durchführte, begann die Schule im Herbst 2004 ein 7-jähriges Selbstveränderungsprojekt. Im Januar 2006 stimmte der Verwaltungsrat der neuen Strategie Moving Forward zu, die aus diesem Projekt hervorging. Die Strategie bestätigt die Neuausrichtung von EuNC gemäß seines Auftrags und seiner entwickelten Vision. Sie skizziert die organisatorischen Prioritäten für die Zukunft, dass es eine multikulturelle und multinationale Ausbildungsstätte mit einem Campus und Verwaltungszentrum und vielen Studienzentren in verschiedenen europäischen Ländern und der GUS ist, und dass sie eine hohe Beweglichkeit der Lehrkräfte und der Studenten zwischen dem Campus und den verschiedenen Orten anstrebt mit dem Ziel, ihnen die bestmögliche Campusausbildung und die bestmögliche Ausbildung vor Ort anzubieten.

In den folgenden Jahren hat EuNC die Moving Forward Strategie umgesetzt. EuNC hat seine akademischen und organisatorischen Strukturen angepasst, um eine Schule mit vielen Unterrichtsorten und einem Gesamtnetzwerk von Lehrkräften und Studenten zu werden, die in verschiedenen Ländern wohnen und studieren und einen gemeinsamen Lehrplan haben mit der Freiheit, die lokalen Bedürfnisse innerhalb verschiedener europäischer und GUS Kulturen zu berücksichtigen. Im Schuljahr 2007/2008 wurde ein neuer Lehrplan auf den Weg gebracht, der sich an angestrebten Ausbildungsergebnissen orientiert und auf die verschiedenen europäischen Milieus anwendbar ist. Im selben Jahr führte die Schule das europäische Leistungspunktesystem ECTS (European Credit Transfer and Accumulation System) ein.

Während des letzten Jahres des strategischen Plans (2010-2011) befand sich die Schule in einer anderen Situation als erwartet, obwohl alle Ziele erreicht wurden. EuNC wurde mit unvorhersehbaren Entwicklungen konfrontiert – wie eine drastische Abnahme der Studierendenzahl am Campus, Herausforderungen für die Studienzentren durch die Akkreditierungsstelle für MNU und Kürzungen im finanziellen und personellen Bereich. Als Reaktion auf diese Herausforderungen entschied EuNC, sein Campusprogramm im Sommer 2011 zu schließen und sich ausschließlich auf die Studienzentren zu konzentrieren. Der Verkauf der Liegenschaften in Büsingen wurde 2015 abgeschlossen. EuNC ist nunmehr zu einer Schule in vielen Nationen mit Studienzentren in verschiedenen Ländern und einem gemeinsamen Verwaltungszentrum geworden, um den Auftrag der Schule zu erfüllen. Der strategische Plan Vision 2020 wurde in Reaktion auf diesen Schwerpunkt entwickelt.

Zusätzlich zu diesen Veränderungen erhielt die Schule Im November 2012 die Akkreditierung durch die European Evangelical Accrediting Association (EEAA) für das Programm Jüngerschaft (Certificate in Spiritual Formation, 60 ECTS) und für das Programm Christlicher Dienst (Diploma in Christian Ministry, 120 ECTS).