EuNC comenzó como una visión en 1963 en las mentes y corazones de Jerald Johnson, quien servía en Alemania, y Bob Cerrato, de Italia. La visión era servir a Europa continental entrenando a personas para el ministerio. Se encontró un edificio en un pequeño pueblo alemán rodeado por Suiza, el pueblo de Büsingen. El mandato del Instituto debía ser de alcance internacional, con el inglés como medio de instrucción, y para preparar a personas para la ordenación y servicio cristiano. La escuela fue llamada European Nazarene Bible College (ENBC) y fue establecida en 1965 con el Rev. John B. Nielson como su primer rector; las clases comenzaron el 10 de enero de 1966.

A lo largo de su existencia, EuNC se ha quedado enfocado en la realización de su objetivo original. En 1977, la escuela se afilió con la Universidad Nazarena MidAmerica (MNU), por el cual fue capaz de ofrecer un grado de Licenciatura en Artes totalmente acreditado. A principios de los años 1990, como resultado inmediato de la caída del comunismo y el levantamiento de la Cortina de Hierro, la escuela comenzó la educación teológica por extensión y, por esto, amplió su misión de incluir a muchos estudiantes de varios países que no eran capaces de estudiar en el campus de Büsingen y/o estudiar en inglés. En 2001, el nombre fue cambiando a European Nazarene College (EuNC). Este cambio ya se preparaba por varios años, y fue aceptado con la esperanza que el nuevo nombre reflejaría más exactamente el perfil educativo de la institución.

Tomando en cuenta que el rápido cambio del entorno europeo y de la CEI exigía un cambio drástico en la forma que EuNC proporcionaba la educación teológica para el ministerio, la escuela comenzó un proyecto de auto-cambio de 7 años en el otoño de 2004. En enero de 2006, el Concilio de Administración aceptó la nueva estrategia Avanzando (Moving Forward en inglés) que surgió de este proyecto. La estrategia reafirmó la misión y visión de EuNC y perfiló las prioridades organizativas para el futuro de ser “un escuela multicultural y multinacional con un campus y un centro administrativo, y muchos centros de estudios en varios países europeos y de la CEI” y apuntando a “una alta movilidad del Cuerpo Docente y estudiantes entre el campus y los centros, con el objetivo de exponerlos a la mejor educación residencial y por extensión.”

En los años siguientes, EuNC puso en práctica la estrategia Avanzando. La escuela adaptó sus estructuras académicas y administrativas para apoyar mejor una escuela con múltiplos lugares de enseñanza, con un Cuerpo Docente y red de estudiantes globales, viviendo y estudiando en diferentes países, y un currículo con espacio para la contextualización en las diferentes culturas Europeas y de la CEI. En 2007/08 un nuevo, currículo basado en los resultados, relevante al diverso contexto europeo y de la CEI fue lanzado. Aquel mismo año, la escuela también adoptó el Sistema de Acumulación y Transferencia de Crédito Europeo (ECTS o European Credit Transfer and Accumulation System, en inglés).

Durante el año final de la secuencia del plan estratégico, 2010-11, la escuela se encontró en una posición diferente a la esperada, aunque todos los objetivos hubieran sido realizados. EuNC fue encarada con desarrollos imprevistos, tales como la caída de inscripciones en el campus, desafíos con las acreditaciones de todos los centros de estudios a través de las existentes relaciones de afiliado con MNU, y la disminución financiera y de recursos humanos. En respuesta a estos desafíos, EuNC decidió cerrar el programa residencial en el verano de 2011 y concentrarse totalmente en los centros de estudios.  La venta de la propiedad de Büsingen fue completada en 2015.  EuNC se ha convertido en una escuela en muchas naciones con centros de estudios en diferentes países y una administración general para cumplir la misión de la escuela.  El plan de visión estratégica 2020 fue desarrollado como respuesta a este énfasis.

En adición a estos cambios, en noviembre 2012 la escuela recibió la acreditación de la Asociación de Acreditación Evangélica Europea (EEAA, European Evangelical Accrediting Association, en inglés) para el Certificado en Formación Espiritual (60 ECTS) y el Diploma en Ministerio Cristiano (60 ECTS)