A főiskola 1963-ban egy látással kezdődött a Németországban szolgáló Jerald Johnson és az olasz Bob Cerrato gondolataiban és szívében. A látás arról szólt, hogy az európai kontinenst szolgálva embereket képezzenek ki a szolgálatra. A megfelelő épületet egy Büsingen nevű német falucskában találták meg, melyet Svájc fog körbe. A főiskola küldetését úgy fogalmazták meg, hogy legyen nemzetközi, az angol nyelv legyen az oktatás közös nyelve, és készítse fel a hallgatókat a fölszentelésre és a keresztyén szolgálatra. Az Európai Názáreti Bibliai Főiskolának (ENBC) elnevezett intézményt 1965-ben alapították meg John B. Nielson tiszteletes vezetésével, aki a főiskola első rektora lett. Az oktatás 1966. január 10-én kezdődött meg.

A főiskola a fennállása óta folyamatosan ügyel eredeti céljának betöltésére. 1977-ben a a MidAmerica Názáreti Egyetem (MidAmerica Nazarene University, MNU) kihelyezett tagozata lett. s így teljesen akkreditált alapképzést (BA) tudott nyújtani. Az 1990-es évek első felében a kommunizmus bukása és a vasfüggöny leomlása egyenes következményeként a főiskola levelező rendszerű teológiai képzést indított. Ezáltal a küldetése bővült, és sok olyan hallgató kaphatta meg a tanulás lehetőségét, aki olyan országban élt, ahonnan nem tudott eljutni a büsingeni helyszínre, és/vagy nem volt angol nyelvtudása. 2001-ben az intézmény neve Európai Názáreti Főiskola (European Nazarene College, EuNC) lett. Ez a változás már évek óta váratott magára. Abban a reményben fogadták el, hogy az új név pontosabban fogja tükrözni az intézmény oktatási profilját.

A főiskola felismerte, hogy a gyorsan változó európai és FÁK-beli környezet az EuNC-től is drasztikus változtatásokat követel a szolgálatra felkészítő teológiai oktatás terén, ezért 2004 őszén elindított egy 7 éves átalakulási projektet. 2006 januárjában a kuratórium elfogadta az ebből a projektből kibontakozó új stratégiát, amely az Előrelépés (Moving Forward) nevet kapta. Ez a stratégia megerősítette az EuNC küldetését és látását, valamint körvonalazta a jövőbeli szervezeti prioritásokat, melyek a következők: az EuNC legyen egy „sok kultúrát befogadó és több országban jelen levő főiskola egyetlen központi kampusszal és a hozzá tartozó adminisztrációs központtal, valamint Európa és a FÁK több országában sok oktatási hellyel”, ahol „az oktatók és a hallgatók igen könnyen mozoghatnak a kampusz és a különböző helyek között, hogy a lehető legjobb képzést kaphassák a bentlakásos és a levelező oktatás keretében”.

Az ezt követő években az EuNC végrehajtotta az Előrelépés stratégiáját. A főiskola átalakította oktatási és adminisztrációs struktúráját, hogy jobban támogassa a több helyen folyó oktatást és a különböző országokban élő és tanuló tanárok és hallgatók átfogó hálózatát, valamint a közös tantervet, amely teret enged az egyes európai és FÁK-beli kultúrákban megvalósuló kontextualizációnak. A 2007–2008-as tanévben bevezettünk egy új, célorientált tanmenetet, amely megfelel a sokszínű európai és FÁK-beli környezetnek. Ugyanebben az évben vezette be a főiskola az Európai Kreditátviteli Rendszert (ECTS).

A stratégia tervezett megvalósításának utolsó évében a főiskola teljesen más helyzetben találta magát, mint remélte, bár mindegyik cél megvalósult. Az EuNC szembe találta magát olyan előre nem látható fejleményekkel, mint a kampuszon képzésre jelentkező hallgatók számának jelentős csökkenése, az összes oktatóközpont az MNU kihelyezett tagozataként történő akkreditációjának nehézségei, valamint a csökkenő anyagi és emberi erőforrások. Ezen kihívásokra válaszolva az EuNC elhatározta, hogy 2011 nyarán megszünteti a bentlakásos programot, és teljesen az oktatóközpontjaira koncentrál. Jelenleg a 2011–2013-as időszakra vonatkozó átmeneti stratégiai terv alapján folyik a munka. Ez a terv a Továbblépés: a keresztyén szolgálat decentralizált iskolájának megvalósítása nevet viseli, és az EuNC kampuszközpontú modellből való továbblépését hivatott elérni.

2012 novemberében a főiskola kérésére az Európai Evangéliumi Akkreditációs Szövetség akkreditálta a Lelki Formálódás Oklevelét (60 kredit) és a Keresztyén Szolgálat Diplomáját (120 kredit).