O Instituto começou como uma visão em 1963 nas mentes e corações de Jerald Johnson, servindo na Alemanha, e Bob Cerrato de Itália. A visão era servir o continente Europeu treinando pessoas para o ministério. Um edifício foi encontrado numa pequena vila alemã rodeada pela Suiça – Büsingen. O mandato do Instituto era para ser internacional no seu âmbito, com o inglês como meio de instrução, e para preparar pessoas para ordenação e o serviço cristão. A escola foi chamada European Nazarene Bible College (ENBC – Instituto Bíblico Nazareno Europeu) e foi estabelecida em 1965 com o Rev. John B. Nielson como seu primeiro reitor; as classes começaram a 10 de Janeiro de 1966.

Através da sua existência, o Instituto tem permanecido focado no cumprimento do seu propósito original. Em 1977, a escola afiliou-se com a Universidade Nazarena de MidAmerica (MNU), o que lhe possibilitou oferecer um grau completamente homologado de Licenciatura de Artes (B.A.). Nos primeiros anos de 90, como um resultado imediato da queda do comunismo e do levantamento da Cortina de Ferro, a escola iniciou a educação teológica por extensão e, através dela, expandiu a sua missão para incluir muitos estudantes de vários países que não tinham possibilidade de estudar nas instalações em Büsingen e/ou estudar no idioma inglês. Em 2001, o nome foi alterado para European Nazarene College (EuNC – Instituto Nazareno Europeu). Esta mudança estava para ser efectuada há vários anos, e foi aceite na esperança que o novo nome reflectisse o perfil educacional da instituição com mais precisão.

Constatando que o ambiente europeu e CEI em constante mutação exigia uma mudança drástica na forma como o EuNC providenciava a educação teológica para o ministério, a escola iniciou um projecto de auto-mudança para um prazo de 7 anos no Outono de 2004. Em Janeiro de 2006, a Junta Directiva do EuNC aceitou a nova estratégia Seguindo em Frente que emergiu deste projecto. A estratégia reafirmou a declaração de missão e visão do EuNC e esboçou as prioridades organizacionais para o futuro no ser “uma escola multicultural e multinacional com um campo central e centro administrativo e muitos locais de ensino em vários países europeus e CEI” e no alcançar “de uma elevada mobilidade de docentes e estudantes entre o campo central e os vários locais, com o objectivo de os expor ao melhor da educação residencial e de extensão”.

Nos anos seguintes o EuNC implementou a estratégia Seguindo em Frente. A escola adaptou as suas estruturas académicas e administrativas para melhor apoiar uma escola com locais múltiplos com um corpo docente geral e uma rede de estudantes, vivendo e estudando em países diferentes, e um curriculum com espaço para contextualização dentro das várias culturas europeias e CEI. Em 2007-2008 foi lançado um novo curriculum baseado nos resultados e relevante para o contexto diverso europeu e da CEI. Nesse mesmo ano, a escola adoptou o Sistema de ECTS (European Credit Transfer and Accumulation System – Sistema Europeu de Acumulação e Transferência de Créditos).

Durante o ano final da linha de tempo do plano estratégico, 2010-2011, a escola encontrou-se numa posição diferente do que previsto, apesar de todos os seus objectivos terem sido concretizados. O EuNC foi confrontado com desenvolvimentos inesperados tais como a baixa significativa de estudantes matriculados no campo central, desafios na homologação de todos os Centros de Estudo através da relação de afiliação existente com o MNU, e a diminuição dos recursos financeiros e de pessoal. Em resposta a estes desafios, o EuNC decidiu fechar o seu programa residencial no verão de 2011 e concentrar-se completamente nos Centros de Estudo da escola. A venda da propriedade de Büsingen foi finalizada em 2015. O EuNC tornou-se agora totalmente uma escola em muitas nações com centros de estudo em diferentes países e uma administração geral para cumprir a missão da escola. O plano estratégico Vision 2020 foi desenvolvido em resposta a esta ênfase.

Em adição a estas mudanças, em Novembro de 2012, a escola recebeu creditação da Associação de Acreditação Evangélica Europeia (EEAA), para o Certificado em Formação Espiritual (60 ECTS) e para o Diploma de Ministério Cristão (120 ECTS).