История колледжа началась с мечты, которая зародилась в 1963 году в мыслях и сердцах Джеральда Джонсона (миссионера в Германии) и Боба Серрато из Италии. Их видение заключалось в служении на территории Европы через обучение людей для служения. Здание было найдено в маленьком немецком поселке, окруженном Швейцарией, под названием Бюзинген. Обязательные требования к колледжу заключались в том, чтобы быть интернациональным по масштабу, использовать английский язык как основной язык преподавания, и подготавливать служителей к рукоположению и христианскому служению. Это учебное заведение называлось Европейским Назарянским Библейским Колледжем (ENBC) и было основано в 1965 году. Преподобный Джон Б. Нилсон стал первым ректором; занятия начались 10 января 1966.

На протяжении всего времени своего существования колледж уделял внимание исполнению своей первоначальной цели. В 1977 колледж стал филиалом Назарянского Университета «МидАмерика», что дало ему возможность предоставлять полностью аккредитованную степень бакалавра гуманитарных наук. Вначале 1990-х, вследствие падения коммунистической системы и подъема «железного занавеса», это учебное заведение начало преподавать дистанционные курсы по богословию и, таким образом, расширило свою миссию, предоставив возможность получить образование учащимся различных стран, которые не могли учиться в Бюзингене на очном отделении и/или учиться на английском языке. В 2001 название было изменено на Европейский Назарянский Колледж (EuNC). Изменение готовилось на протяжении нескольких лет, и было одобрено в надежде, что новое название более точно сможет передать специфику образования учебного заведения.

Понимая, что стремительные перемены в Европейском сообществе и в СНГ требуют не менее решительных перемен в способе организации богословского образования для служения, осенью 2004 года колледжем был начат семилетний процесс реорганизации. Так в январе 2006 Совет Попечителей принял новую стратегию «Двигаясь вперед», как следствие данного процесса. Данная стратегия подтверждает миссию и видение ЕНК и подчеркивает организационные приоритеты для существования колледжа в будущем как «единого международного учебного заведения с одним студенческим городком и административным центром и несколькими образовательными центрами в различных европейских странах и странах СНГ». ЕНК ставит своей целью «высокую мобильность преподавательского состава и студентов между студенческим городком и различными учебными центрами, и пытается ознакомить их с лучшими сторонами очного и дистанционного образования».

В последующие годы ЕНК работал над воплощением стратегии «Двигаясь Вперед». Колледж приспособил свою академическую и административную структуру для более успешной поддержки учебного заведения, расположенного в разных местах, с единым преподавательским составом и коллективом студенческим, которые живут и учатся в различных странах, и с единым учебным планом, с возможностью контекстуализации в условиях разнообразных культур на территории Европы и СНГ. В 2007/08 был запущен новый учебный план, ориентированный на результаты, и актуальный для отличающего контекста в странах Европе и в СНГ. В этом же году колледж принял Европейскую Систему Перевода и Накопления Кредитов (ECTS).

В последние годы стратегического плана (2010-11), Колледж оказался в ином положении, чем ожидалось, хотя все цели были достигнуты. ЕНК столкнулся с непредвиденными обстоятельствами, такие как значительное падение количества учащихся очной программы, проблемы с аккредитацией всех учебных центров в рамках существующих партнерских отношений с MNU, и снижение финансовых и кадровых ресурсов. В ответ на эти проблемы, ЕНК решил закрыть очную программу летом 2011 года и полностью сосредоточиться на учебных центрах. Продажа зданий колледжа в Бюзингене была завершена в 2015. ЕНК стал единым колледжем, расположенным во многих местах, для многих народов с образовательными центрами в разных странах и общей администрацией для выполнения своей миссии. Стратегический план «Видение 2020» был разработан с учетом этих изменений и в этом направлении.

В дополнение к этим изменениям в ноябре 2012 года ЕНК получил аккредитацию от Европейской Евангельской Аккредитационной Ассоциации (ЕЕАА) для Сертификат Духовного Формирования (60 ECTS) и Диплом Христианского служения (120 ECTS).